Pour gérer les paquets du système, Fedora utilise YUM, un outil permettant de gérer les installations, les désinstallations et les mises à jour de paquets au format RPM. Il gére les dépendances en téléchargeant ce qui est nécessaire. Il trouve les paquets sur différentes sources (sites internet) que l'on appelle des dépôts. YUM est fourni en standard dans toutes les versions de Fedora.